L'évaluation des incidences Natura 2000 ne concerne pas seulement les projets situés à l'intérieur d'un site. Elle s'applique dès qu'un projet est susceptible d'affecter les habitats et espèces qui ont justifié la désignation du site, y compris à distance, par les eaux, les poussières, le bruit ou la fréquentation.
L'étude d'impact évalue les effets d'un projet sur l'environnement au sens large. L'évaluation des incidences Natura 2000 répond à une question plus étroite et plus exigeante : le projet porte-t-il atteinte aux objectifs de conservation du ou des sites concernés ? Le raisonnement se conduit habitat par habitat et espèce par espèce, à partir du document d'objectifs du site.
Les effets indirects et à distance sont la principale source d'oubli : rejet d'eaux pluviales rejoignant un cours d'eau du site, rupture d'un corridor utilisé par une espèce, dérangement d'espèces sensibles en période de reproduction, apport de matières en suspension à l'aval.
Lorsque l'analyse préliminaire conclut clairement à l'absence d'effet, le dossier s'arrête à ce stade avec une démonstration solide. Lorsqu'une atteinte significative ne peut être écartée, l'évaluation se poursuit et le projet doit être revu : c'est très souvent le moment où une adaptation du calendrier ou de l'implantation débloque la situation.
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Un échange court suffit souvent à savoir quelle procédure s'applique et quel calendrier prévoir.